S Kabinett Stoiber III isch vum 6. Oktober 1998 bis zum 14. Oktober 2003 d Staatsregierig vum Freistaat Bayern gsii. D CSU het bi dr Landdagswahl am 13. September 1998 52,91 % vu dr Stimme un dodermit 123 vu dr insgsamt 204 Sitz gwunne. Dodermit het d Bartei unter em Minischterbresidänt Edmund Stoiber als furt chenne ellai regiere.