DNA barcoding

L'article o secció necessita millores de format.
Pot necessitar retocs en negretes, cursives, enllaços, imatges, categories, infotaules...

DNA barcoding o codi de barres d'ADN és un mètode d'identificació d'espècies basat en la utilització d'un curt fragment d'ADN d'un gen o gens específics. Per comparació amb una llibreria de referència que conté una compilació de fragments d'ADN (anomenats "seqüències"), es pot identificar una determinada seqüència i emprar-la per saber a quin organisme i espècie pertany. El DNA barcoding funciona de la mateixa manera que ho fa un escàner de supermercat, aquest utilitza les conegudes ratlles negres de codi de barres per saber si un producte es troba en estoc a partir de la seva base de dades de referencia.[1] Algunes de les funcions d'aquests codis de barres son: la identificació d'una espècie desconeguda o parts d'un organisme, la catalogació de tots els taxons possibles, o per comparar amb taxonomia tradicional en un esforç per determinar fronteres d'espècie.

Diferents regions de gens son emprades per identificar diferents grups d'organismes utilitzant codis de barres o barcordings. La regió més utilitzada del barcode per animals i alguns protistes és una porció del gen del citocrom c oxidasa I (COI o COX1), localitzat en ADN mitocondrial. Altres gens adequats per DNAbarcoding és l’Espaiador transcrit intern pertanyent a l'rRNA sovint utilitzat per fongs i l'enzim RuBisCO utilitzat per plantes.[2][3] Els microorganismes són detectats emprant regions de gens diferents. El 16S rRNA es el més àmpliament utilitzat per la identificació de procariotes, mentre que el 18S rRNA serveix per detectar microorganismes eucariotes. Aquestes regions de gens són escollides perquè tenen menys variacions intraespecífiques (dins d'espècies) que interespecífiques (entre espècies), això es coneix com el Barcoding Gap.[4]

Algunes de les aplicacions del DNA barcoding son: identificar les fulles d'una planta fins i tot quan les flors o les fruites no estan disponibles; identificar el pol·len trobat en els cossos d'animals que participen en el procés de polinització; identificar larves d'insecte que poden ser difícils de classificar ; o investigar la dieta d'un animal basat en el seu contingut d'estómac, saliva o femta.[5] S'utilitza el terme DNA metabarcoding quan la mostra a analitzar pertany a un o més organismes.[6][7] Exemple : anàlisi de comunitats de diatomees en rius i corrents, el qual sol avalua qualitat d'aigua.[8]

  1. ↑ «What is DNA Barcoding?». iBOL. [Consulta: 26 març 2019].
  2. ↑ Schoch, Conrad L.; Seifert, Keith A.; Huhndorf, Sabine; Robert, Vincent; Spouge, John L. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109, 16, 2012, pàg. 6241–6246. DOI: 10.1073/pnas.1117018109. ISSN: 0027-8424. PMC: 3341068. PMID: 22454494.
  3. ↑ CBOL Plant Working Group; Hollingsworth, P. M.; Forrest, L. L.; Spouge, J. L.; Hajibabaei, M. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106, 31, 04-08-2009, pàg. 12794–12797. Bibcode: 2009PNAS..10612794H. DOI: 10.1073/pnas.0905845106. ISSN: 0027-8424. PMC: 2722355. PMID: 19666622.
  4. ↑ Paulay, Gustav; Meyer, Christopher P. PLOS Biology, 3, 12, 29-11-2005, pàg. e422. DOI: 10.1371/journal.pbio.0030422. ISSN: 1545-7885. PMC: 1287506. PMID: 16336051.
  5. ↑ Soininen, Eeva M; Valentini, Alice; Coissac, Eric; Miquel, Christian; Gielly, Ludovic Frontiers in Zoology, 6, 1, 2009, pàg. 16. DOI: 10.1186/1742-9994-6-16. ISSN: 1742-9994. PMC: 2736939. PMID: 19695081.
  6. ↑ Creer, Simon; Deiner, Kristy; Frey, Serita; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre Methods in Ecology and Evolution, 7, 9, 2016, pàg. 1008–1018. DOI: 10.1111/2041-210X.12574.
  7. ↑ Advances in Ecological Research, 58, 1-2018, pàg. 63–99. DOI: 10.1016/bs.aecr.2018.01.001.
  8. ↑ Vasselon, Valentin; Rimet, Frédéric; Tapolczai, Kálmán; Bouchez, Agnès Ecological Indicators, 82, 2017, pàg. 1–12. DOI: 10.1016/j.ecolind.2017.06.024. ISSN: 1470-160X.