| 1999 McNeese State Cowboys football | |
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| Conference | Southland Conference |
| Record | 6–5 (5–2 Southland) |
| Head coach |
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| Co-offensive coordinator | Scott Stoker (1st as OC, 6th overall season) |
| Co-offensive coordinator | John Nagle (1st as OC. 10th overall season) |
| Defensive coordinator | Tommy Tate (1st as DC, 21st overall season) |
| Home stadium | Cowboy Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 6 Troy State +^ | 6 | – | 1 | 11 | – | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 22 Stephen F. Austin + | 6 | – | 1 | 8 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McNeese State | 5 | – | 2 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sam Houston State | 4 | – | 3 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Northwestern State | 3 | – | 4 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Southwest Texas State | 2 | – | 5 | 3 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Jacksonville State | 1 | – | 6 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nicholls State | 1 | – | 6 | 1 | – | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 1999 McNeese State Cowboys football team was an American football team that represented McNeese State University as a member of the Southland Conference (Southland) during the 1999 NCAA Division I-AA football season. In their first year under head coach Kirby Bruchhaus, the team compiled an overall record of 6–5, with a mark of 5–2 in conference play, and finished third in the Southland.