Los clubes directamente afiliados a la AFA son ochenta y ocho instituciones futbolísticas de la Argentina, ubicadas en su mayoría en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y en el conurbano bonaerense, a los que se agregan algunos clubes del Gran La Plata, del interior de la provincia de Buenos Aires, y de la provincia de Santa Fe.
Estos clubes participan con exclusividad de los torneos de la Primera B y Primera C que constituyen respectivamente la tercera y cuarta Categoría para estos equipos, que forman parte de una de las ramas que confluyen, junto con la de los indirectamente afiliados, en la Primera Nacional, tributaria de la Primera División.
Deben su condición a razones históricas, dado que la Asociación del Fútbol Argentino, más allá de ser la entidad madre del deporte, organizó originalmente sus torneos en la zona metropolitana de la ciudad de Buenos Aires, y, en consonancia con la organización política, económica y demográfica del país, basada en un marcado centralismo de dicha ciudad sobre el resto de las regiones, se les otorgó el carácter de nacionales. Asimismo, los clubes que participaban de esos certámenes eran de mayor jerarquía que los del resto del país, que se fueron agregando lentamente, en distintas etapas, a la competencia con los equipos capitalinos. Con el tiempo, se fue imponiendo la necesidad de una mayor participación en el máximo nivel de los clubes del interior, y, a favor de las distintas medidas tendientes a la federalización de los torneos, se produjo un proceso que fue incorporando a los equipos de las ligas regionales nucleadas en el Consejo Federal. Al mismo tiempo, en el año 1977, la AFA cerró sus registros para la afiliación de nuevas entidades, aunque no a las reincorporaciones, como fue el caso del Club Social y Deportivo Muñiz en 1980, luego de haberse desafiliado voluntariamente en 1964.
No obstante, el 30 de mayo de 2017 el Comité Ejecutivo de la Asociación autorizó la afiliación provisoria del Real Pilar Fútbol Club, ad referendum de la próxima asamblea general, y habilitó su participación en las competiciones,[1] lo que la transformó en la primera institución que lo logró después de cuatro décadas. Esta medida sorpresiva produjo controversias, dados los vínculos de algunos de sus directivos con esferas de poder,[2][3] lo que fue desmentido por los involucrados.[4] El 19 de octubre la Asamblea Ordinaria ratificó la afiliación definitiva, y llevó así el número de afiliados directos a 87.[5]
En abril de 2022 se incorporó al torneo de Primera D al Club Mercedes, como invitado sin derecho a un potencial ascenso.[6] Esto constituyó su virtual afiliación, la cual se oficializó en la asamblea general del 23 de noviembre de 2023 [7].
El resto de las más de 3000 instituciones futbolísticas del país se encuentran nucleadas en la AFA a través de sus respectivas ligas regionales, por lo que se las considera afiliadas de manera indirecta, y tienen su propia vía para acceder a las máximas categorías.
Para la ubicación geográfica de los clubes se considera su domicilio legal, es decir, el lugar donde tienen emplazado su estadio, o su sede social en caso de no poseerlo.