La final de la Copa Nissan Sudamericana 2003 fue disputada entre el Cienciano del Perú y el River Plate de Argentina. Ambos equipos jugaban su primera final de Copa Sudamericana y buscaban ganarla por primera vez en su historia. La final de ida se jugó el miércoles 10 de diciembre del 2003 en el Estadio Monumental en Argentina, en donde ambos equipos igualarían 3 a 3. Mientras que la final de vuelta se jugó el viernes 19 de diciembre del 2003 en La UNSA en el Perú, en donde el Cienciano vencería por 1 a 0 al River Plate. Así el equipo peruano ganaba su primera Copa Sudamericana al obtener un marcador global de 4 a 3, y se convertía así en el primer equipo peruano, y hasta ahora único, en conseguir un título internacional a nivel de clubes.
Cabe destacar que en la final de esta edición hubo un cambio de reglamento a último momento, ya que inicialmente se había decidido que si la final terminaba en empate luego de haberse jugado los 180 min. de juego reglamentario, se jugarían dos tiempos suplementarios de 15 min. c/u en el cual habría gol de plata, y de persistir el empate la llave se definiría mediante la ronda de penales. Sin embargo, al final se decidió que si la final terminaba en empate luego de los 180 min. de juego, la llave se definirá directamente mediante la ronda de penales.
También hay que tomar en cuenta que Cienciano no pudo jugar la final de vuelta en el Garcilaso, debido a que en ese entonces el estadio no contaba con la capacidad mínima exigida por la CONMEBOL (40 000 espectadores) para albergar una final de torneo internacional organizada por ésta. Motivo por el cual, Cienciano tuvo que jugar la final de vuelta en La UNSA —Cienciano tuvo que cambiar su localía de Cuzco a Arequipa—.
El campeón Cienciano clasificaba automáticamente a la siguiente edición de la Copa Sudamericana. Y también jugaría la Recopa Sudamericana 2004 ante el Boca Juniors de Argentina (campeón de la Copa Libertadores 2003).