Francisco Javier Aguilera o Francisco Xavier de Aguilera (Santa Cruz de la Sierra, Imperio español; c. 1782 - Vallegrande, Bolivia; noviembre de 1828) fue un militar realista de origen cruceño que combatió a favor del Imperio español en las guerras de independencia hispanoamericanas. Llegó a ser gobernador de la intendencia de Santa Cruz de la Sierra tras derrotar al caudillo Ignacio Warnes. Además, apoyó la rebelión del realista Pedro Antonio de Olañeta contra el virrey liberal José de la Serna, y tras la independencia boliviana intentó una rebelión realista en 1828.