ADN B

Grand et petit sillons de l'ADN B.

L'ADN B est la forme a priori la plus courante de la double hélice d'ADN constituant le matériel génétique des cellules vivantes[1]. Elle fut décrite en 1953 par Crick, Watson et Wilkins d'après les travaux cristallographiques de Franklin. L'ADN B se caractérise par un diamètre d'environ 2 nm et un allongement moyen de 0,34 nm par paire de bases ajoutée, chaque tour d'hélice comprenant entre 10,4 et 10,5 paires de bases en solution. Elle possède deux sillons inégaux typique-ment de 2,2 nm pour le grand sillon et de 1,2 nm pour le petit sillon[2]. Il en résulte que les bases nucléiques sont plus accessibles de l'extérieur au niveau du grand sillon, et c'est typiquement à ce niveau que se lient sélectivement des protéines telles que les facteurs de transcription en fonction de la séquence de l'ADN[3].

De gauche à droite : ADN A, ADN B et ADN Z.
Paramètres structurels indicatifs des trois principales formes d'ADN bicaténaire[4],[5],[6]
Paramètre ADN A ADN B ADN Z
Sens de l'hélice droite droite gauche
Motif répété 1 bp 1 bp 2 bp
Angle de rotation par paire de bases 32,7° 34,3° 60°/2
Nombre de paires de bases par tour d'hélice 11 10,5 12
Pas de l'hélice par tour 2,82 nm 3,32 nm 4,56 nm
Allongement de l'axe par paire de bases 0,24 nm 0,32 nm 0,38 nm
Diamètre 2,3 nm 2,0 nm 1,8 nm
Inclinaison des paires de bases sur l'axe de l'hélice +19° −1,2° −9°
Torsion moyenne (propeller twist) +18° +16° 0°
Orientation des substituants des bases
sur les résidus osidiques		 anti anti Pyrimidine : anti,
Purine : syn
Plissement / torsion endocyclique du furanose
(Sugar pucker)		 C3’-endo C2’-endo Cytosine : C2’-endo,
Guanine : C3’-endo
  1. ↑ (en) Timothy J. Richmond et Curt A. Davey, « The structure of DNA in the nucleosome core », Nature, vol. 423, no 6936,‎ , p. 145-150 (PMID 12736678, DOI 10.1038/nature01595, Bibcode 2003Natur.423..145R, lire en ligne)
  2. ↑ (en) Richard Wing, Horace Drew, Tsunehiro Takano, Chris Broka, Shoji Tanaka, Keiichi Itakura et Richard E. Dickerson, « Crystal structure analysis of a complete turn of B-DNA », Nature, vol. 287, no 5784,‎ , p. 755-758 (PMID 7432492, DOI 10.1038/287755a0, Bibcode 1980Natur.287..755W, lire en ligne)
  3. ↑ (en) C. O. Pabo et R. T. Sauer, « Protein-DNA Recognition », Annual Review of Biochemistry, vol. 53,‎ , p. 293-321 (PMID 6236744, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.001453, lire en ligne)
  4. ↑ (en) Richard R Sinden, DNA structure and function, Academic Press, , 398 p. (ISBN 0-12-645750-6)
  5. ↑ (en) Rich A, Norheim A, Wang AHJ, « The chemistry and biology of left-handed Z-DNA », Annual Review of Biochemistry, vol. 53,‎ , p. 791–846 (PMID 6383204, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.004043)
  6. ↑ (en) Ho PS, « The non-B-DNA structure of d(CA/TG)n does not differ from that of Z-DNA », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 91, no 20,‎ , p. 9549–9553 (PMID 7937803, PMCID 44850, DOI 10.1073/pnas.91.20.9549, Bibcode 1994PNAS...91.9549H)