Dans l'Ordre cistercien, de la fondation de la première abbaye-fille de Cîteaux (1113) jusqu'à la Révolution française et la transformation de toutes les abbayes en biens nationaux (1790), la Charte de charité rédigée par l'abbé Étienne Harding permettait une gestion de l'ordre à la fois centralisée et laissant une large autonomie à chaque abbaye, à travers le système de filiation. Dans cet organigramme, les abbayes primaires correspondaient aux têtes de chaque lignée.
Traditionnellement, on considère qu'elles sont au nombre de quatre, correspondant aux quatre premières fondations de Cîteaux : La Ferté, Pontigny, Clairvaux et Morimond (les Quatre filles de Cîteaux). On peut cependant y adjoindre l'abbaye-mère de Cîteaux elle-même, qui a sa propre lignée, ainsi, mais avec des nuances, que l'abbaye de Tart, féminine, qui compte également une lignée, mais dont l'abbesse ne jouissait pas des mêmes privilèges que les abbés côté masculin.