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En anatomie, le terme amygdale peut désigner plusieurs entités différentes :
- amygdales pharyngées, amas de tissu lymphoïde du pharynx dont la plus connue est l'amygdale palatine ;
- amygdale cérébrale, noyau situé dans le lobe temporal et jouant un rôle dans les émotions et le conditionnement ;
- amygdale du cervelet ou amygdale cérébelleuse, lobe IX du cervelet.
Dans tous les cas, le terme vient du grec ancien ἀμυγδάλη / amugdálê qui signifie amande, en référence à la forme de ces entités.
Selon la nomenclature anatomique moderne, le terme « amygdale » est réservé à l'amygdale cérébrale, il est remplacé par celui de « tonsille » dans le cas de l’amygdale pharyngée et par l'expression « tonsille cérébelleuse » dans le cas de l'amygdale du cervelet.