Pour l'appareil de protection de la respiration, voir appareil respiratoire isolant.
L'appareil respiratoire, appelé aussi système respiratoire, est l'ensemble des organes de l'organisme qui permet d'acheminer le dioxygène (O2) de l’extérieur (air ou eau) vers les cellules et d'éliminer le dioxyde de carbone (CO2) produit durant la respiration cellulaire. Car pour produire de l’énergie, les cellules utilisent de l'O2 et rejettent du CO2. Ces cellules n'ont souvent pas d’accès direct à l'O2, car elles sont enfouies dans le corps.
Afin de pouvoir capter l'O2 nécessaire, les animaux terrestres ont généralement développé des poumons, ou des branchies pour les animaux aquatiques, qui sont fortement vascularisés. Ces organes ont pour but d’augmenter la surface d'échange entre le milieu et le sang par des alvéoles pour les mammifères, les parabronches pour les oiseaux, des filaments et des lamelles pour les branchies. Mais d'autres surfaces peuvent être utilisées pour les échanges gazeux, en particulier la peau. Un système de ventilation adapté pour remplir et vider les poumons ou faire passer de l'eau par les branchies est aussi nécessaire.