Le bassin houiller du Jura, daté du Stéphanien fait partie des bassins houillers des Vosges et du Jura. Il est découvert aux environs la ville de Lons-le-Saunier dans le Jura par plusieurs campagnes de prospection engagées entre 1943 et 1961, mais le charbon n'est pas exploité, seul un captage de gaz de houille est ouvert entre 1948 et 1964.
Des recherches sont relancées au début du XXIe siècle par la société britannique European Gas Limited.