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La cardiectomie est une technique rituelle de sacrifice humain qui consiste à extraire le cœur, encore palpitant, du sacrifié de sa cage thoracique à l'aide d'instruments en silex ou en obsidienne. Elle a été pratiquée de manière régulière et parfois massive en Mésoamérique.
En chirurgie cardiaque moderne, la cardiectomie est le nom donné à une des étapes d'une intervention de transplantation cardiaque orthotopique (situé à sa place normale), consistant à ôter le cœur malade, sous couvert d'une circulation sanguine extra-corporelle, avant d'implanter le cœur d'un patient donneur en état de mort encéphalique. La cardiectomie est réalisée après sternotomie médiane et mise en place de la circulation extra-corporelle.