Les controverses autour de la shehita ont commencé au XIXe siècle. Certaines relèvent des aspects légaux de l'abattage rituel en général et sont le fait d'associations pour les droits des animaux. D'autres sont spécifiques à la shehita et motivées par des sentiments antisémites. La lutte pour la conservation de la shehita fait à ce titre partie de l'histoire juive contemporaine.
Les critiques généralement formulées à l'encontre de la shehita la présentent comme un mode d'abattage inhumain et cruel. Plus spécifiquement :
Actuellement, nombre d'adversaires de la shehita se joignent aux défenseurs des animaux pour exiger que l'abattage soit précédé d'un étourdissement. Or, celui-ci invalide l'abattage selon les critères de la Loi juive[1].
Nombre d'études réalisées montreraient l'absence d'effets néfastes pour l'animal et remettraient en cause l'innocuité des techniques d'abattage par étourdissement. Des mesures continuent cependant d'être prises contre la shehita.