Les cotonniers Bt sont des cultivars de cotonnier de l'espèce Gossypium hirsutum qui ont été modifiées génétiquement par l'ajout du gène leur conférant la capacité de produire un insecticide.
Le terme « Bt » fait référence au Bacillus thuringiensis dont le gène codant la protéine insecticide a été extrait.
Les cotonniers génétiquement modifiés Bollgard I (MON 531) et Bollgard II (MON 15985) de Monsanto sont des cotonniers Bt[1].