Du fait qu'il regroupe des animaux comme les myxines, qui n'étaient pas considérées comme des vertébrés, et les lamproies (vertébrés basaux), ils ont longtemps été considérés comme un groupe paraphylétique. Mais les dernières études génétiques confirment que les lamproies sont plus proches des myxines que des gnathostomes (les vertébrés à mâchoire) et que les myxines seraient des vertébrés qui ont perdu des caractères ancestraux[2],[3],[4].
Le nom admet un homonyme, Cyclostomata Busk, 1852 (Animalia, Bryozoa) = Cyclostomatida Busk, 1852, au rang de l'ordre.
↑A.M. Constant Duméril, 1806. Zoologie analytique, ou Méthode naturelle de classification des Animaux, rendue plus facile à l'aide de tableaux synoptiques. Imprimerie de H.L. Perronneau, Allais libraire, Paris (lire en ligne sur Google Livres).
↑(en) Thomas Cavalier-Smith, « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews, vol. 73, no 3, , p. 203-266 (DOI10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x).
↑(en) Alysha M. Heimberg, Richard Cowper-Sal·lari, Marie Sémon, Philip C. J. Donoghue et Kevin J. Peterson, « MicroRNAs reveal the interrelationships of hagfish, lampreys and gnathostomes and the nature of the ancestral vertebrate », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 107, no 45, , p. 19379-19383 (DOI10.1073/pnas.1010350107).
↑(en) Stock D. & Whitt G.S., 1992. Evidence from 18S ribosomal RNA sequences that lampreys and hagfishes form a natural group. Science. 257 (5071) (7 August 1992): 787–9. DOI10.1126/science.1496398, PMID1496398.