La diversité de la flore du Morvan provient des conditions écologiques, climatiques et géologiques particulières auxquelles le paysage végétal a dû s'adapter dans le massif.
Le Morvan est en effet un îlot granitique érigé au milieu des terrains sédimentaires de la Bourgogne. Deux types de sols prédominent : des sols pauvres et acides pourvus de roches cristallines dont la désagrégation forme une arène granitique ; des sols riches et plus fertiles situés sur des roches volcano-sédimentaires.
Par ailleurs, de par sa localisation et sa topographie, le Morvan se situe à un carrefour d'influences climatiques :
Ces différents éléments influent sur la répartition de la flore selon le type de terrain et leur orientation. Les essences diffèrent donc selon que l'on se trouve dans des secteurs boisés, humides ou utilisés par l'agriculture locale.