Évolution des vertébrés selon un diagramme axial représentant les cinq grandes classes (poissons[1], amphibiens, reptiles, oiseaux et mammifères). La largeur des axes indique le nombre de familles dans chaque classe (les téléostéens, poissons à squelette complètement osseux et à nageoires rayonnantes, représentent 99,8 % des espèces de poissons, et près de la moitié des espèces de vertébrés). En classification phylogénétique, seuls les oiseaux et les mammifères sont des groupes monophylétiques (les poissons, amphibiens et reptiles étant des groupes paraphylétiques)[2]. Chaque point d'embranchement indique l'existence possible de formes transitionnelles vers tous les organismes qui se trouvent au-dessus, sur les branches ascendantes.
Une forme transitionnelle est une espèce fossile présentée comme à la fois descendante d'un groupe d'espèces connues et ancêtre d'un autre groupe d'espèces connues. Elle présente une mosaïque de caractères plésiomorphes et apomorphes des deux autres groupes d'espèces. Les trois groupes formeraient ensemble un segment d'une lignée évolutive. Les formes transitionnelles ne doivent pas présenter d'autapomorphies.
Selon les systématiciens cladistes[3], cette expression est à bannir comme le sont ses équivalents de « chainon manquant » ou de « maillon ». Pour les cladistes, ces termes sont des métaphores qui évoquent la Scala naturæ[4], « grande chaine de la vie » marquée par sa dimension téléologique et anthropocentrique[5]. Cet avis n'est pas partagé par les systématiciens évolutionnistes qui utilisent des techniques d'analyse des données permettant de placer certains fossiles directement sur une lignée évolutive[6].
↑Gavryushkina, A., Welch, D., Stadler, T. et Drummond, A. J., « Bayesian Inference of Sampled Ancestor Trees for Epidemiology and Fossil Calibration », PLoS computational biology, vol. 12, no 10, , e1003919