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Le Haut-Rhin, appelé Hochrhein en allemand, est une subdivision du Rhin qui débute après Stein am Rhein, à l'extrémité ouest du lac de Constance. Il coule vers l'ouest et passe de 395 m d'altitude à 252 m.
Après Schaffhouse se situent les chutes du Rhin : avec un débit moyen de 373 m3/s (700 m3/s en été), il s'agit de la deuxième chute d'eau la plus puissante d'Europe après le Dettifoss en Islande. Le Haut-Rhin est marqué par de nombreux barrages, les parties naturelles comportant plusieurs rapides. À Koblenz (Suisse), le Rhin est rejoint par l'Aar, qui avec 557 m3/s est plus puissant que le premier (439 m3/s), mais plus court.
Le Haut-Rhin délimite sur la quasi-totalité de son cours la frontière entre l'Allemagne et la Suisse. La Suisse ne s'étend sur la rive nord qu'à Stein am Rhein, Schaffhouse et près de Bâle.