Dix navires de la Marine française ont été baptisés Junon, d'après la déesse du même nom :
- la Junon, un navire de ligne de 44 canons lancé en 1748 et revendu en 1757 ;
- la Junon, une frégate de 32 canons lancée en 1778 et perdue dans un cyclone en 1780 ;
- la Junon, une corvette de 14 canons prise aux Anglais en 1799. elle est aussitôt revendue à cause de son mauvais état ;
- la Junon, une frégate de 40 canons de classe Minerve lancée en 1786 et capturée par les Anglais en 1799. Elle est alors incorporée dans la Royal Navy sous le nom de HMS Princess Charlotte ;
- la Junon, une galère vénitienne prise aux Vénitiens en 1797, sabordée l'année suivante ;
- la Junon, une frégate de 40 canons lancée en 1806. Capturée en 1809 par les Anglais, elle est recapturée la même année puis brûlée à cause de son mauvais état ;
- la Junon, une frégate de 46 canons lancée en 1808 sous le nom d'Amélie. Renommée Junon en 1814, elle est rayée des listes en 1842 ;
- la Junon, commencée en 1847 comme frégate à voile de 46 canons, avant d'être transformée en frégate à vapeur durant sa construction. Mise à flot en 1861, elle est rayée des listes en 1872 ;
- la Junon, un sous-marin de classe Minerve qui participe à la Seconde Guerre mondiale avec les Forces navales françaises libres ;
- la Junon, un sous-marin d'attaque conventionnel de classe Daphné en service de 1966 à 1996.