On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
L'une de ces espèces (Helicobacter pylori) joue un rôle dans l'ulcère gastro-duodénal.
Le microbiome (du grec micro, « petit », et bios, « vie ») est l'« aire biotique » (aire de vie correspondant à une niche écologique) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant[1].
Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d'une communauté écologique comprenant symbiotes, commensaux et pathogènes partageant l'espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie[2].
En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d'un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français : d'après Pascale Cossart « on parle de "microbiote" pour désigner l'ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de "microbiome" quand il s'agit de l'ensemble des gènes présents dans ce microbiote »[3].
- Stéphane Blanc, Gilles Boëtsch, Martine Hossaert-McKey et François Renaud, Écologie de la santé, Le Cherche midi, (ISBN 9782749154251), p. 184.
- (en) Joshua Lederberg et Alexa T. McCray, « 'Ome sweet 'omics : a genealogical treasury of Words », Scientist, vol. 15, no 7, , p. 8 (lire en ligne, consulté le ).
- Cossart 2016, p. 90.