Les mycotoxines (du grec ancien μύκης : « champignon » ; et toxine) sont des toxines élaborées par diverses espèces de champignons microscopiques telles que les moisissures (Aspergillus sp., Fusarium sp., Stachybotrys sp., Penicillium sp., etc.)
Ce sont des molécules de faible poids moléculaire (< 1 000 daltons), le plus souvent thermostables en milieu non aqueux. Difficilement dégradables, elles peuvent subsister dans les denrées même après l'élimination des moisissures.
Le terme de « mycotoxine » est utilisé pour décrire des métabolites présentant une action toxique à faible dose sur les animaux, par opposition aux termes de phytotoxine ou antibiotique utilisés pour décrire des métabolites qui présentent une action toxique à faible dose sur les plantes et les bactéries respectivement. En France[1], l'usage veut que l'on réserve le terme de « mycotoxine » aux seules toxines extracellulaires (et non aux toxines intracellulaires, comme celles produites par l'ergot du seigle ou l'amanite phalloïde).
Une étude montre l'importance de la contamination notamment de la farine et du riz[2],[3],[4].