Au XVIe siècle un mouvement de renouveau suscité par Luther toucha aussi l'Alsace. Rejeté par les autorités de l'Église catholique, il a conduit au protestantisme. Celui-ci s’est maintenu à travers les siècles, partageant la foi chrétienne de toujours, mais incarnant une autre manière de vivre cette foi. Le protestantisme en Alsace, bien que minoritaire, a marqué l’histoire religieuse, culturelle et sociale de la région. Il s’est manifesté, en particulier, par quelques grandes figures telles que Martin Bucer, Jean-Frédéric Oberlin et Albert Schweitzer. À côté des Églises luthérienne et réformée, reconnues par l’État, et aujourd'hui unies, il est présent aussi par un ensemble de communautés libres.