La transmutation de la matière est la transformation d'une substance en une autre. En physique nucléaire, la transmutation (ou mue atomique) est la transformation d'un élément chimique en un autre par une modification de son noyau atomique. Elle est aussi appelée transmutation nucléaire.
Le terme est aussi utilisé en alchimie pour décrire l'hypothétique possibilité de transformer une substance en une autre, voire un Élément en un autre (l’eau, la terre, le feu et l’air).