Il film, liberamente ispirato al romanzo di Adriano Petta e Antonino Colavito "Ipazia. Vita e sogni di una scienziata del IV secolo", narra in forma romanzata la vita della matematica, astronoma e filosofa greca-alessandrina Ipazia, durante l'epoca delle persecuzioni anti-pagane stabilite per legge dai Decreti teodosiani, fino alla sua morte, avvenuta per mano di un gruppo di cristiani estremisti, nel marzo del 415.