Attualmente a Busto Arsizio si trovano venticinque chiese, tra parrocchiali e ausiliari, e un battistero.[1]
Alcune di queste chiese, in particolare santa Maria di Piazza, san Giovanni Battista e san Michele Arcangelo, sorsero prima dell'anno mille. In età comunale nacquero le prime rettorie, poi denominate parrocchie. Esse comportavano la presenza di un sacerdote al quale era affidava la cura delle anime e che generalmente era residente presso una chiesa preesistente. Busto Arsizio era sottoposta alla pieve di Olgiate Olona, ma la comunità, sulla base delle sue crescenti disponibilità economiche, costituì cinque "benefici curati" fra il XIII e il XVI secolo: tre presso la chiesa di San Giovanni Battista e due presso quella di San Michele Arcangelo, mentre la chiesa di Santa Maria, situata nella piazza centrale del borgo, si configurava come santuario, senza incombenze parrocchiali.
San Carlo Borromeo nel 1583 trasferì a Busto Arsizio le dignità ecclesiastiche della pieve (cioè del distretto)[2] e i curati di San Giovanni e di San Michele vennero innalzati al grado di canonici, come coadiutori del prevosto nella cura delle anime (Busto Arsizio fu pertanto considerata formalmente parrocchia unica).
Nel Seicento un nuovo fervore religioso portò alla costruzione di nuove chiese, come san Gregorio in Camposanto (1632), Madonna in Veroncora (1639) e san Bernardino (1665), oltre che alla ricostruzione delle chiese di san Giovanni Battista (1609) e san Michele Arcangelo (1652). Nel Settecento sorsero Madonna in Campagna (1702), san Rocco (1706), la chiesa vecchia di Sacconago (1708), la chiesa di sant'Anna (1710, poi Tempio Civico), la chiesa di sant'Antonio da Padova (1717, nel territorio di Borsano).
Busto rimase di fatto una sola parrocchia fino al 1906, quando venne attribuita anche a San Michele tale funzione.[3] Successivamente, nel 1928, Borsano e Sacconago vennero annesse al comune, portando a quattro il numero delle parrocchie. Nel corso del Novecento si sono poi formate le altre parrocchie fino ad arrivare al numero attuale, di tredici. È stato questo il secolo in cui sono state costruite più chiese (ben undici, a cui si può aggiungere quella dei Frati minori, sorta in realtà a partire dal 1898, ma terminata durante tale secolo).
Nel corso della storia, molte chiese sono state abbattute per essere successivamente ricostruite con capienza maggiore. Altre chiese, invece, sono state demolite definitivamente: tra di esse si possono ricordare la chiesa di Santa Croce[4], risalente al 1564 e già sede della confraternita dei Disciplini[5], sconsacrata nel 1948 e demolita nel 1972[6]; la chiesa borsanese di Santa Maria dei Restagni; quella sinaghina di San Donato; quella di Sant'Eurosia in località Cascina Brughetto (costruita negli anni 1719-1722, dedicata alla giovane martire di Jaca e demolita nel 1952)[7]; la cappella di sant'Ambrogio in Canton Santo,[8] non molto distante dalla chiesa di Santa Maria di Piazza.
Nel caso di Sacconago, la costruzione della nuova chiesa (1928) non ha comportato l'abbattimento della chiesa settecentesca dato che furono utilizzati a tale scopo i terreni appartenenti al vecchio cimitero.
Di seguito sono descritte le altre chiese attualmente esistenti sul territorio di Busto Arsizio: in primo luogo il Santuario di Santa Maria, che costituisce la chiesa più importante della città; in secondo luogo le tredici che sono sedi parrocchiali; in terzo luogo le undici che costituiscono le chiese sussidiarie; infine il battistero.
Le chiese parrocchiali sono state tutte costruite nel Novecento, fatta eccezione per la Basilica di san Giovanni, la Prepositurale di san Michele e chiesa dei Frati minori, iniziata nel 1898. Si tratta molto spesso di luoghi di culto edificati in zone di espansione della città, o altre volte di chiese moderne e più capienti che prendono il posto di quelle antiche, come nei casi delle nuove chiese parrocchiali di Sacconago e Borsano, entrambe dedicate ai santi apostoli Pietro e Paolo. Le chiese sussidiarie invece sono tutte più antiche: l'unica eccezione è costituita da san Carlo Borromeo, una delle tre chiese sussidiarie della prepositurale di san Michele Arcangelo. Tale edificio rappresenta l'ultimo luogo di culto cristiano cattolico costruito in città. È stato infatti consacrato nel settembre del 2000 dal cardinal Carlo Maria Martini, allora arcivescovo di Milano.