La teoria del codice istonico è un'ipotesi secondo cui la trascrizione dell'informazione genetica codificata nel DNA è in parte regolata da modifiche chimiche (note come "segni istonici") delle proteine istoniche, principalmente sulle loro estremità libere. Insieme a modifiche simili come la metilazione del DNA, fa parte del codice epigenetico.[1] Gli istoni si associano al DNA per formare nucleosomi, che si raggruppano per formare fibre di cromatina, le quali a loro volta compongono il cromosoma. Gli istoni sono proteine globulari con un N-terminale flessibile (che costituisce la coda) che sporge dal nucleosoma. Molte delle modifiche alla coda dell'istone sono correlate alla struttura della cromatina e sia lo stato di modificazione dell'istone che la struttura della cromatina influenzano il livello di espressione genica. La teoria del codice istonico si basa sull'ipotesi che le modifiche dell'istone servano a reclutare altre proteine mediante il riconoscimento, operato da domini proteici specializzati a tale scopo, dell'istone modificato, piuttosto che semplicemente stabilizzando o destabilizzando l'interazione tra l'istone e il DNA. Queste proteine reclutate agiscono quindi per alterare attivamente la struttura della cromatina o per promuovere la trascrizione.