I comuni dell'Estonia (in estone omavalitsus) costituiscono la suddivisione territoriale di secondo livello del Paese, dopo le contee, e ammontano a 79, di cui 15 urbani o città (linn, plurale linnad) e 64 rurali (vald, plurale vallad).
Attualmente, dopo che è stata completata una riforma amministrativa nell'ottobre 2017, ci sono un totale di 79 comuni. 51 delle attuali municipalità sono il risultato di fusioni, 28 rimangono invariate. Dopo la riforma i piccoli comuni con meno di 5.000 abitanti sono stati ridotti da un numero di 169 a 15. Il numero dei consiglieri è stato ridotto da 2 026 a 1 019.
Ogni comune è un'unità di autogoverno con il proprio corpo rappresentativo ed esecutivo. I comuni estoni coprono l'intero territorio del paese. Ogni comune può includere più centri abitati, alcuni comuni sono divisi in distretti (in estone linnaosa, plurale linnaosad) con limitati poteri di governo, ad esempio Tallinn è suddivisa in 8 distretti (Haabersti, Kesklinn, Kristiine, Lasnamäe, Mustamäe, Nõmme, Pirita, Põhja-Tallinn).
Le dimensioni dei comuni vanno da Tallinn con circa 400 000 abitanti a Ruhnu che ne ha circa 68. Molti dei comuni con meno di 3 000 abitanti hanno costituito rapporti di cooperazione per l'erogazione di servizi e per la gestione congiunta delle funzioni amministrative.