| Coppa delle Coppe 1998-1999 | |
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| Competizione | Coppa delle Coppe UEFA |
| Sport |  Calcio
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| Edizione | 39ª |
| Organizzatore | UEFA |
| Date | dal 13 agosto 1998 al 19 maggio 1999 |
| Partecipanti | 49 |
| Nazioni | 48 |
| Risultati | |
| Vincitore | Lazio (1º titolo) |
| Secondo | Maiorca |
| Semi-finalisti | Lokomotiv Mosca Chelsea |
| Statistiche | |
| Miglior marcatore |  Alon Mizrahi (7)[1]
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| Incontri disputati | 95 |
| Gol segnati | 266 (2,8 per incontro) |
| Cronologia della competizione | |
La Coppa delle Coppe 1998-1999 venne vinta dalla Lazio nella finale contro il Maiorca per 2-1 con gol di Christian Vieri e Pavel Nedvěd. Fu l'ultima edizione di questo trofeo, poiché dalla stagione 1999-2000 le vincitrici delle Coppe nazionali andarono a disputare la Coppa UEFA, unendosi alle squadre classificatesi subito dietro a quelle qualificate alla UEFA Champions League.