L'Isoflavone è il capostipite di una serie di composti chimici naturali nota col nome di isoflavoni, una sottoclasse dei composti fenolici di origine vegetale appartenenti alla più ampia classe dei flavonoidi. La struttura chimica è basata su uno scheletro C15 di atomi di carbonio composto da due anelli aromatici ed uno eterociclico; un anello aromatico (anello A) risulta condensato con l'eterociclico (anello C) ed il terzo (anello aromatico B) collegato a questi. La differenza con la struttura dei flavoni risiede nel legame in posizione 3 anziché 2 dell'anello B sull'anello C.
In contrasto con la maggior parte degli altri flavonoidi, gli isoflavoni sono tutti incolori e hanno una distribuzione tassonomica piuttosto limitata, sono presenti esclusivamente nelle Leguminosae e Iridaceae, e in particolare sono concentrati quasi totalmente nelle Faboideae (una sottofamiglia delle Leguminosae).