La fauna dei mammiferi delle Filippine è considerata di importanza primaria per la sua varietà di specie endemiche, che in rapporto alla superficie totale dell'arcipelago, la rende una tra le faune con il più alto numero di endemismi per area di superficie. Questo numero è destinato ad aumentare grazie all'eccezionale quantità di nuove scoperte effettuate negli ultimi anni, pari al numero di nuove specie scoperte in nazioni come il Brasile e il Perù, le quali hanno però una superficie circa 10 volte più estesa, oppure come il Madagascar, grande quasi il doppio. Di interesse notevole è il numero di Muridi e la loro varietà, che va dall'enorme ratto arboricolo Phloeomys pallidus ai piccoli ratti-toporagno terricoli del genere Archboldomys oppure l'elevato endemismo di pipistrelli della famiglia degli Pteropodidi. Tra questa numerosa diversità 33 mammiferi terrestri e 6 marini sono considerati dalla IUCN come specie minacciate ed altre 19 come prossime alla minaccia.
| In verde |
||sono contrassegnate le specie endemiche. |