La fauna dei Chirotteri delle Filippine comprende attualmente 80 specie appartenenti a 8 famiglie, delle quali soltanto 23, circa il 29%, sono endemiche. Se si considera soltanto la famiglia degli Pteropodidi la percentuale delle forme native sale al 60%, essendo 15 specie su 25 uniche di questo arcipelago. La famiglia più numerosa è quella dei Vespertilionidi con 23 specie ma soltanto una endemica. L'origine è chiaramente indo-malese sebbene due generi di Pteropodidi, Nyctimene e Dobsonia hanno i parenti più prossimi nell'Ecozona australasiana. Il numero di specie è aumentato in maniera significativa negli ultimi anni ed al momento ci sono ancora alcune specie che attendono di essere descritte, in particolare una forma di Haplonycteris ed una di Otomops. C'è ancora qualche confusione sulla tassonomia di altre specie, come quelle del genere Miniopterus, che potrebbero rivelare nuove forme criptiche.
| In verde |
||sono contrassegnate le specie endemiche. |