Le radici protoindoeuropee sono quei morfemi di base che hanno un proprio significato lessicale presenti nella lingua protoindoeuropea e sopravvissuti come radice nelle lingue indoeuropee. Aggiungendo suffissi essi formano temi, e poi aggiungendo desinenze formano parole flesse (declinate se nomi o aggettivi e coniugate se verbi).
Eccetto pochi casi le radici proto-indoeuropee sono caratterizzate dalle consonanti, mentre le vocali possono alternarsi, in un processo chiamato apofonia (o ablaut). Le radici di norma hanno un nucleo monosillabico (che con l'apofonia può diventare sia monosillabico che asillabico).