In fisica atomica, l'interazione iperfine è la debole interazione magnetica e quadrupolare tra gli elettroni e il nucleo dell'atomo. Questa interazione è causa della separazione dei livelli energetici atomici o molecolari in sotto-livelli, che formano la cosiddetta struttura iperfine dello spettro atomico o molecolare.
La struttura iperfine fu osservata già da Michelson nel 1881 e fu spiegata teoricamente da Wolfgang Pauli nel 1924.