| 1999 SMU Mustangs football | |
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| Conference | Western Athletic Conference |
| Record | 4–6 (3–3 WAC) |
| Head coach |
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| Offensive coordinator | Greg Briner (2nd season) |
| Co-offensive coordinator | Larry Kueck (1st season) |
| Offensive scheme | Spread option |
| Defensive coordinator | Eric Schumann (3rd season) |
| Base defense | 4–3 |
| Home stadium | Cotton Bowl |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Hawaii + | 5 | – | 2 | 9 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCU + | 5 | – | 2 | 8 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Fresno State + | 5 | – | 2 | 8 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Rice | 4 | – | 3 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMU | 3 | – | 3 | 4 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UTEP | 3 | – | 4 | 5 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| San Jose State | 1 | – | 5 | 3 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Tulsa | 1 | – | 6 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 1999 SMU Mustangs football team represented Southern Methodist University (SMU) as a member the Western Athletic Conference (WAC) during the 1999 NCAA Division I-A football season. Led by third-year head coach Mike Cavan, the Mustangs compiled an overall record of 4–6 with a mark of 3–3 in conference play, placing fifth in the WAC.