| 1999 Stony Brook Seawolves football | |
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| Conference | Northeast Conference |
| Record | 5–5 (4–3 NEC) |
| Head coach |
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| Offensive coordinator | Kevin Morris (1st season) |
| Home stadium | Seawolves Field |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Robert Morris $ | 7 | – | 0 | 8 | – | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Albany | 6 | – | 1 | 7 | – | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wagner | 5 | – | 2 | 5 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Stony Brook | 4 | – | 3 | 5 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Central Connecticut State | 3 | – | 4 | 4 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Monmouth | 2 | – | 5 | 2 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Saint Francis (PA) | 1 | – | 6 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sacred Heart | 0 | – | 7 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 1999 Stony Brook Seawolves football team represented Stony Brook University as a member of the Northeast Conference (NEC) during the 1999 NCAA Division I-AA football season. Led by 16th-year head coach Sam Kornhauser, the Seawolves compiled an overall record of 5–5 with a mark of 4–3 in conference place, placing fourth in the NEC. Stony Brook played home games at Seawolves Field in Stony Brook, New York.