| 2006 Cal Poly Mustangs football | |
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| Conference | Great West Conference |
| Ranking | |
| Sports Network | No. 16 |
| Record | 7–4 (2–2 GWC) |
| Head coach |
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| Home stadium | Mustang Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 5 North Dakota State $ | 4 | – | 0 | 10 | – | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 22 South Dakota State | 3 | – | 1 | 7 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 16 Cal Poly | 2 | – | 2 | 7 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UC Davis | 1 | – | 3 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Southern Utah | 0 | – | 4 | 3 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2006 Cal Poly Mustangs football team represented California Polytechnic State University, San Luis Obispo as member of the Great West Conference (GWC) during the 2006 NCAA Division I FCS football season. Led by sixth-year head coach Rich Ellerson, Cal Poly compiled an overall record of 7–4 with a mark of 2–2 in conference play, placing third in the GWC. The team outscored its opponents 248 to 162 for the season. The Mustangs played home games at Mustang Stadium in San Luis Obispo, California.