| 2006 Navy Midshipmen football | |
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Meineke Car Care Bowl, L 24–25 vs. Boston College | |
| Conference | Independent |
| Record | 9–4 |
| Head coach |
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| Offensive scheme | Triple option |
| Defensive coordinator | Buddy Green (5th season) |
| Base defense | Multiple |
| MVP | David Mahoney |
| Captains |
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| Home stadium | Navy–Marine Corps Memorial Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 17 Notre Dame % | – | 10 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Navy | – | 9 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Army | – | 3 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Temple | – | 1 | – | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2006 Navy Midshipmen football team represented the United States Naval Academy (USNA) as an independent during the 2006 NCAA Division I FBS football season. The team was led by fifth-year head coach Paul Johnson.