| 2006 Sioux Falls Cougars football | |
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NAIA national champion GPAC champion | |
NAIA National Championship Game, W 23–19 vs. St. Francis (IN) | |
| Conference | Great Plains Athletic Conference |
| Record | 14–0 (10–0 GPAC) |
| Head coach |
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| Offensive coordinator | Chuck Morrell (8th season) |
| Defensive coordinator | Jon Anderson (5th season) |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 1 Sioux Falls $^ | 10 | – | 0 | 14 | – | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 6 Northwestern (IA) ^ | 9 | – | 1 | 11 | – | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 8 Morningside ^ | 8 | – | 2 | 9 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 23 Nebraska Wesleyan | 7 | – | 3 | 7 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dana | 5 | – | 5 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Briar Cliff | 4 | – | 6 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dakota Wesleyan | 4 | – | 6 | 4 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Hastings | 4 | – | 6 | 4 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Concordia (NE) | 2 | – | 8 | 2 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Midland Lutheran | 1 | – | 9 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Doane | 1 | – | 9 | 1 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2006 Sioux Falls Cougars football team represented the University of Sioux Falls in the 2006 NAIA football season. The Cougars won the 2006 NAIA Football National Championship with a 23–19 victory over the top-ranked St. Francis Cougars. The team also won the Great Plains Athletic Conference championship with a perfect 10–0 record. This was the school's second NAIA Championship (1996). The team was coached by Kalen DeBoer.