| 2006 Stephen F. Austin Lumberjacks football | |
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| Conference | Southland Conference |
| Record | 4–7 (4–3 Southland) |
| Head coach |
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| Defensive coordinator | J. C. Harper (2nd season) |
| Home stadium | Homer Bryce Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 21 McNeese State $^ | 5 | – | 1 | 7 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sam Houston State | 4 | – | 2 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Stephen F. Austin | 4 | – | 2 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Texas State | 3 | – | 3 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nicholls State | 2 | – | 4 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Northwestern State | 2 | – | 4 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Southeastern Louisiana | 1 | – | 5 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2006 Stephen F. Austin Lumberjacks football team represented Stephen F. Austin State University as a member of the Southland Conference during the 2006 NCAA Division I FCS football season. Led by second-year head coach Robert McFarland, the Lumberjacks compiled an overall record of 4–7 with a mark of 4–2 in conference play, tying for second place in the Southland. Stephen F. Austin played home games at Homer Bryce Stadium in Nacogdoches, Texas.