| 2006 Stony Brook Seawolves football | |
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| Conference | Northeast Conference |
| Record | 5–6 (5–2 NEC) |
| Head coach |
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| Offensive coordinator | Jeff Behrman (1st season) |
| Home stadium | Kenneth P. LaValle Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Monmouth $ | 6 | – | 1 | 10 | – | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Albany | 5 | – | 2 | 7 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Robert Morris | 5 | – | 2 | 7 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Stony Brook | 5 | – | 2 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Central Connecticut State | 4 | – | 3 | 8 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Saint Francis (PA) | 2 | – | 5 | 3 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sacred Heart | 1 | – | 6 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wagner | 0 | – | 7 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2006 Stony Brook Seawolves football team represented Stony Brook University as a member of the Northeast Conference (NEC) during the 2006 NCAA Division I FCS football season. Led by first-year head coach Chuck Priore, the Seawolves compiled an overall record of 5–6 with a mark of 5–2 in conference place, placing in a three-way tie for second in the NEC. Stony Brook played home games at Kenneth P. LaValle Stadium in Stony Brook, New York.