| 2016 Houston Baptist Huskies football | |
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| Conference | Southland Conference |
| Record | 4–7 (3–5 Southland) |
| Head coach |
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| Offensive coordinator | Scott Smith (4th season) |
| Offensive scheme | Multiple |
| Co-defensive coordinator | Roger Hinshaw (4th season) |
| Co-defensive coordinator | Charlie Camp (2nd season) |
| Base defense | 4–3 |
| Home stadium | Husky Stadium |
| Conf | Overall | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Team | W | L | W | L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 5 Sam Houston State $^ | 9 | – | 0 | 12 | – | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| No. 14 Central Arkansas ^ | 8 | – | 1 | 10 | – | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SE Louisiana | 7 | – | 2 | 7 | – | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| McNeese State | 5 | – | 4 | 6 | – | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nicholls State | 5 | – | 4 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Stephen F. Austin | 4 | – | 5 | 5 | – | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Houston Baptist | 3 | – | 5 | 4 | – | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Incarnate Word * | 3 | – | 6 | 3 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lamar | 3 | – | 6 | 3 | – | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Abilene Christian * | 2 | – | 7 | 2 | – | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Northwestern State | 0 | – | 9 | 1 | – | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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The 2016 Houston Baptist Huskies football team represented Houston Baptist University—now known as Houston Christian University—as a member of the Southland Conference during the 2016 NCAA Division I FCS football season. Led by fourth-year head coach Vic Shealy the Huskies compiled an overall record of 4–7 with a mark of 4–5 in conference play, placing seventh in the Southland. Houston Baptist played home games at Husky Stadium in Houston.